26 个计算生物学技能的可移植 Agent 插件包 — 结构预测、蛋白与 binder 设计、分子对接、 分子动力学、表位预测、可开发性过滤、糖基化感知验证。
ProtForge 把一批成熟的开源计算生物学工具包装成 Agent 可路由的技能：每个工具一个 skill，附带自己的输入约定、命令、输出契约和踩坑记录。它不重新实现这些工具，而是 解决「怎么让 Agent 正确地把它们串起来跑」。
| 技能 | 工具 | 运行时 | 用途 |
|---|---|---|---|
protforge-overview |
— | — | 路由器：工具地图 + 共享约定 |
protforge-alphafold-db |
AlphaFold DB | 宿主机 | 按 UniProt 下载公开预计算结构（免费，先查再算） |
protforge-esmfold2 |
ESMFold2 | WSL | 蛋白结构预测（当前主力，已取代 AlphaFold 3） |
protforge-opendde |
OpenDDE | WSL | 复合物预测 + 逐界面评分 |
protforge-af3-msa |
MSA builder | WSL | 为 ESMFold2 full 变体生成 MSA |
protforge-rfdiffusion |
RFdiffusion | Docker | 从头设计骨架 / binder 骨架 |
protforge-proteinmpnn |
ProteinMPNN | Docker | 基于骨架的序列设计 |
protforge-pesto |
PeSTo | Docker（复用 proteinmpnn 容器） | PPI 界面 / 热点预测 |
protforge-bindcraft |
BindCraft | Docker | 端到端 binder 设计（未做端到端验证，见下方说明） |
protforge-reglyco |
ReGlyco | 宿主机 | 糖基化感知的设计校验 |
protforge-fpocket |
fpocket | Docker | 结合口袋检测（经典几何法） |
protforge-p2rank |
P2Rank | Docker | 结合口袋检测（机器学习） |
protforge-vina-gpu |
Vina-GPU | Docker | GPU 快速对接（需给定盒中心） |
protforge-gnina |
GNINA | Docker + 宿主机 | CNN 对接，可对姿态重打分 |
protforge-diffdock |
DiffDock | Docker | 盲对接（不给结合位点） |
protforge-autodock-gpu |
AutoDock-GPU | Docker | AutoDock4 GPU 对接（需自备 .maps.fld 网格） |
protforge-gromacs |
GROMACS | Docker | 分子动力学（蛋白体系） |
protforge-esm |
ESM-2 | Docker | 序列嵌入 / 拟困惑度 |
protforge-chemprop |
Chemprop | Docker | ADMET 预测（仅 ESOL 溶解度模型） |
protforge-discotope3 |
DiscoTope3 | Docker | B 细胞表位预测（不看抗体） |
protforge-parasurf |
ParaSurf | 宿主机 + 手工安装 | 互补位-抗原界面预测（看抗体，MIT） |
protforge-polyxpert |
PolyXpert | 宿主机，CPU | 序列级聚反应性 = 试剂盒背景信号 |
protforge-igfold |
IgFold | Docker | 抗体 / 纳米抗体折叠 |
protforge-freesasa |
FreeSASA | 宿主机 | 溶剂可及表面积 + ADC 偶联位点 |
ProtForge 刻意把运行时分开，因为它们的 CUDA 构建互不兼容，混装会崩：
| 运行时 | 覆盖技能 | 说明 |
|---|---|---|
| Docker 容器 | 对接、口袋、MD、序列设计、表位、ADMET、抗体折叠、骨架设计 | 每个工具一个预构建镜像 |
| WSL venv | ESMFold2、OpenDDE | 各自锁定 CUDA 版本，详见对应 SKILL.md |
| 宿主机进程 | AlphaFold DB、FreeSASA、ReGlyco、PolyXpert | 不需要 Docker，也不需要 GPU |
在各 Agent 客户端的「插件 → 导入插件」里粘贴本仓库地址：
https://github.com/dy12021/protforge.git
GitHub 仓库子目录导入：在 URL 末尾追加 ?path=<subdir> 或使用 /tree/main/<subdir> 形式。
也可以下载发布包手动安装（见「发布物」）。
⚠️ 本仓库只包含技能定义，不包含镜像、模型权重或 compose 文件。 你需要自己准备好下面这些，scripts/_common.sh会把它们连起来。
- Docker Desktop（或 WSL2 + Docker Engine）— 容器化工具需要
- NVIDIA GPU — 单卡 16 GB 是下限；ESMFold2
full变体建议 24 GB 以上 - WSL2 — ESMFold2 / OpenDDE / MSA 需要；CUDA 构建按技能固定，勿跨 venv 混装
- 模型权重 — 放在
$PROTFORGE_MODELS下，由各工具 skill 的 SKILL.md 说明目录约定 - compose 文件 —
_common.sh会在$PROTFORGE_HOME下自动查找protforge-platform/或oih-platform/子目录中的docker-compose.windows.yml
$PROTFORGE_HOME/ # 数据与模型根，默认 E:/protforge
├── data/
│ ├── inputs/ # 放输入文件
│ └── outputs/<job>_<tool>/ # 每个任务一个输出目录
├── models/ # 模型权重（挂载进容器，不在本仓库内）
└── protforge-platform/ # 你的 compose 文件
PROTFORGE_MOUNT 默认是 /data/protforge，所以你的数据目录必须挂到这个点，
默认任何 runner 都会找不到容器内的路径。如果你的部署同时还在用旧版的
/data/oih 路径，不要替换它，要两个都挂：
volumes:
- <data-root>:/data/oih # 旧工具链仍在硬编码这个路径
- <data-root>:/data/protforge # ProtForge 的规范挂载点
- <models-root>/rfdiffusion:/data/protforge/models/rfdiffusion:ro
- <models-root>/admet:/data/protforge/models/admet:rorfdiffusion 和 chemprop 的权重在规范路径下找不到时，runner 会打印一行
... is missing; falling back to the host models path —— 那不是致命错误，
但请按上表把挂载补齐。
本仓库不含任何机器专属路径。 你的数据/模型根写在 gitignore 的
scripts/local.env 里，永远不会被提交或发布：
cp scripts/local.env.example scripts/local.env
$EDITOR scripts/local.env| 键 | 作用 |
|---|---|
PROTFORGE_CANDIDATES |
空格分隔的候选根目录，按顺序探测，第一个存在即采用 |
PROTFORGE_DEFAULT_ROOT |
所有候选都不存在时的兜底值 |
ESMFOLD2_MODELS_ROOTS |
ESMFold2 权重目录的额外探测点（WSL 路径，冒号分隔） |
scripts/local.env.example 是模板，会随仓库一起发布。
所有环境变量都是可选的，不设时用默认值。
| 变量 | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|
PROTFORGE_HOME |
$PROTFORGE_CANDIDATES 首个存在项，兜底 E:/protforge |
数据与模型根 |
PROTFORGE_DATA |
$PROTFORGE_HOME/data |
输入 / 输出目录 |
PROTFORGE_MODELS |
$PROTFORGE_HOME/models |
模型权重 |
PROTFORGE_COMPOSE |
自动探测 | compose 文件路径 |
PROTFORGE_MOUNT |
/data/protforge |
$PROTFORGE_DATA 在容器内的挂载点，必须与你的 compose 映射一致 |
PROTFORGE_VENV |
探测 | 宿主机 venv（FreeSASA、GNINA 的 SMILES 预处理用） |
PROTFORGE_CONTAINER_<TOOL> |
protforge-<tool> |
单个容器名覆盖，如 PROTFORGE_CONTAINER_VINA_GPU |
变量名前缀是 OIH_ 的旧变量仍被兼容（OIH_HOME / OIH_DATA / OIH_MOUNT /
OIH_CONTAINER_<TOOL>），改名之前建的部署不需要改任何配置。
每个 runner 结束时会打印一行状态标记：
PROTFORGE_STATUS: OK
PROTFORGE_STATUS: FAIL <原因>
以 PROTFORGE_STATUS: 结尾是唯一可靠的成功信号。 一个跑到一半 traceback、
没有状态标记就结束的脚本，即使退出码是 0，也要按失败处理。
部分工具还会额外打印 PROTFORGE_OUTPUT_DIR:、PROTFORGE_CIF:、
PROTFORGE_BACKBONES: 等字段。
SKILL.md 开头的 YAML frontmatter 如果解析失败，加载器会把这个技能直接丢掉，
不报任何错。实际踩过的坑：本包一度声明 23 个技能、实际只注册 5 个，
原因就是 18 个 description 写成了裸标量，而值里有 Trigger: When ...
这种「冒号+空格」，PyYAML 会抛
ScannerError: mapping values are not allowed here。
规矩只有一条：description 这类自由文本一律加双引号（内部 " 和 \ 要转义）。
bash check_syntax.sh # 所有 shell 脚本的语法
bash test_common_rename.sh # 改名兼容层（路径解析 / 容器名 / 输出契约）
python test_frontmatter.py # 每个 SKILL.md 的 frontmatter 是否真的能解析三个都必须全绿再提交。改完 description 后至少跑一次 test_frontmatter.py ——
它用加载器的方式 parse 前言块，检查能否解析、有没有 name/description、
以及 name 是否和目录名一致。
- AlphaFold 3 已在本包中退役。
protforge-alphafold3仅保留给仍需用它做校验 交集的场景，结构预测的主力是 ESMFold2 和 OpenDDE。另外 AlphaFold 3 不可商用。 protforge-bindcraft未做端到端验证。 早前文档称它「启动即抛NameError: pr」，该说法已过期：当前镜像的bindcraft.py已有PYROSETTA_AVAILABLE守卫，PyRosetta 缺失时走 PyRosetta-free 模式。 真正踩到的问题是 runner 硬编码了规范容器名，在仍用oih-*命名的部署上 会No such container——这一点已修复。完整设计要跑数小时，尚未在此环境跑通， 首次使用请先小规模验证。可用替代：protforge-fpocket选热点 →protforge-rfdiffusion生成骨架。protforge-chemprop只会算溶解度。 它默认加载 ESOL 检查点；如果你问的是毒性、 hERG、BBB 透过或 CYP 抑制，请直接说没有安装对应模型，不要拿溶解度数字代替毒性结论。protforge-opendde的聚合iptm不能用于 Ab-Ag 界面筛选。 删掉抗原后聚合 ipTM 反而会升高，说明它被另一对紧界面拉高、对目标界面零分辨力。要看逐界面的chain_pair_gpde。
每个发布都带两个压缩包：
| 文件 | 内容 |
|---|---|
protforge-<版本>-plugin.zip |
完整插件包：两份 manifest、scripts/、skills/、图标、README、LICENSE |
protforge-<版本>-skills.zip |
手动安装用：skills/ + scripts/_common.sh |
skills 包必须带上 scripts/——runner 用的是相对路径
$(dirname $0)/../../../scripts/_common.sh，缺了它整个技能树都起不来。
本仓库的技能定义与脚本以 MIT 发布。 但它包装的第三方工具各自遵循其原始许可， 使用前请自行确认：
| 组件 | 许可 |
|---|---|
| ESMFold2 / ESMC | MIT |
| OpenDDE | Apache-2.0 |
| ReGlyco | AGPL-3.0（GlycoShape 数据 CC BY-NC-ND，仅限学术） |
| AlphaFold 3 | 不可商用 |
| 其余各工具 | 遵循各自上游仓库的许可 |
仓库中的 icon.png / icon-dark.png 同样适用 MIT。